Cơ cấu tổ chức của Trung tâm Lưu trữ Lịch sử gồm:
Giám đốc; 01 Phó Giám đốc và 2 phòng chuyên môn gồm: Phòng Hành chính - Bảo quản và Khai thác, Phòng Thu thập - Chỉnh lý.